Marudu berasal dari bahasa salah satu suku kaum di Sabah. Kata "MARUDU" berasal dari bahasa orang-orang BALANINI iaitu dari kata "MAIRUDU" atau MAIULUDU"yang dalam bahasa Melayu membawa maksud " suatu kedudukan di situ-situ juga". Orang-orang Balanini yang mendiami perairan Teluk Marudu dan melakukan aktiviti menangkap ikan dan perdagangan laut di perairan Marudu sering kali belayar dari Limau-limauan Kudat menyusuri teluk Marudu hingga ke Kg telaga Pitas . Apabila mereka belayar balik ke seberang teluk di Limau-limauan mereka akan melalui jalan pintas atau menyeberangi Teluk Marudu dan bukan lagi menyusuri Teluk Marudu. Mereka yang berkomunikasi sesama orang laut apabila ditanya dari mana, mereka akan menjawab "Mairu du" atau "Mairu lu " atau dalam bahasa Melayu bererti "di situ juga" ( merujuk kepada kedudukan geografi Teluk Marudu yang membentuk satu lingkungan teluk yang besar). Lama-kelamaan istilah Mairudu bertukar ke marudu dan mailudu menjadi Maludu. Justeru itu, penulis-penulis Barat sering kali merujuk Marudu sebagai Marudu, Marudo atau Maludu.
Nama Marudu atau Marudu mula dipetakan oleh seorang ahli pelayaran Belanda pada tahun 1595 yang belayar dari Brunei melalui Marudu menuju ke Palawan dan seterusnya ke Pulau Sulu. Sewaktu di perairan Marudu beliau telah menemui orang-orang Balanini atau Banaran atau digelar juga oleh orang Sepanyol sebagai "Camucones" yang menjadi askar laut kerajaan Brunei dan Sulu ketika itu. Orang-orang Balanini juga menamakan beberapa tempat di kawasan Teluk Marudu menggunakan bahasa mereka, antaranya ialah " Matunggong" ( bererti di hujung pulau kecil dari kata Ma Tong Gong iaitu sebuah pulau kecil di muara sungai Matunggong di Teluk Marudu), Bak-Bak ( bererti tempat berjumpa dari kata "Bak ", iaitu sekarang Pantai Bak-Bak di Kudat ), Bulih Adjung ( bererti buritan kapal jong dari dua kata iaitu Buli dan Adjung, sebuah tempat berhampiran sungai Tandek, Kota Marudu ),Sampang mangayau ( bererti menemui orang untuk beradu kekuatan, dari kata Sampang dan kata Mangayau ), " Pitas " dari kata "Pi Tas" ( Pitas dalam bahasa Balanini bererti "suatu keadaan yang satu tapi akhirnya tercerai atau terpisah secara tidak sengaja" ), Malubang dari kata "Ma Lobong" yang bererti "di tempat yang ada kuburan", Tombarungus ( dari kata "Tong Ma Rungus" yang bererti "Tanjung hujung yang dipunyai oleh orang Rungus " )dan banyak lagi nama-nama tempat di perairan Teluk Marudu berasal dari perkataan Balanini.
Kota Marudu asalnya bernama Bandau. Nama ini telah digunakan sejak sebelum Negeri Sabah mencapai kemerdekaan melalui Malaysia, sehinggalah tahun 1974. Menurut legenda daerah ini, Bandau adalah terbitan daripada perkataan 'Mondou' daripada diaiek suku Momogun Rungus [Kadazandusun] yang bermaksud "ketua semua binatang buas" yang rupanya seakan-akan musang. Mondou dipercayai pada suatu masa dahulu di jumpai oleh Aki Rungsud kawasan di sepanjang Sungai Bandau.
Manakala nama Kota Marudu yang digunakan untuk menggantikan Bandau adalah sempena peninggalan sebuah kota/kubu yang terletak di Teluk Bandau. Kota atau kubu Marudu merupakan sebuah kota yang diperbuat daripada batu-batu, tanah dan kayu-kayu keras seperti belian dan nibung yang dibuat oleh Shariff Osman dan pengikut-pengikutnya untuk mempertahankan Kota Marudu daripada pencerobohan penjajah Kompeni British. Di kawasan kota ini terdapat beratus-ratus (mungkin ribuan )kuburan-kuburan para pejuang yang berjuang menentang penjajah British dan juga Makam Syariff Osman dan anaknya Syariff Merum. Makam syarif Osman dulunya mempunyai dua batu nisan yang jarak antara keduanya mencapai 20 kaki dan dipercayai memanjang setiap hari. Makam ini dulunya dijaga dan diletakkan kelambu kuning tetapi pada masa ini ia telahpun tidak diurus dan terbiar.
Istilah Syariff Osman adalah lanun sebenarnya adalah istilah yang diberikan oleh Penjajah British untuk memburuk-burukkan nama syariff Osman. Menurut D.s Ranjit Singh, dalam Buku COMMERATIVE HISTORY OF SABAH 1881 - 1981, m.s 96, Syariff Osman diisytiharkan sebagai lanun dan pemberontak oleh Raja Muda Hashim ( Brunei ) dan sekutunya British dan James Brooke kerana Syariff Osman menjadi ancaman kepada pertuanan Brunei di Sabah dan James Brooke di Sarawak serta pihak British. Syariff Osman telah secara terbuka mengisytiharkan sokongannya terhadap Pengiran Yusoff yang berperang dengan Raja Muda Hashim/British dan mengistiharkan bahawa beliau menentang penjajahan British dan mengisytiharkan kerajaan sendiri. Tindakan ini mengugat kekuasaan pihak Brunei,James Brooke dan British. Syariff Osman sebenarnya adalah pemerintah di Kawasan Kota Marudu yang diperuntukkan oleh Sultan Sulu.Isteri Syariff Osman adalah seorang Puteri Sulu dan anak saudara Sultan Sulu.Syariff Osman adalah seorang berketurunan syariff berdarah campuran Suluk/Bajau/Brunei bersepupu dengan Syariff Masyhor di Sarawak yang terlibat menentang penjajah British sehingga dibuang negeri ke Singapura.
Menurut bahasa Momogun Rungus pula,Kota Marudu berasal dari kata bahasa Momogun Rungus iaitu "Sindaat Mogkorudu" di mana kawasan Bandau selama hampir 100 tahun dalam kiraan kalendar Momogun Rungus telah ditinggalkan setelah perang melibatkan Sindaat [sihir] yang dilancarkan oleh Aki Sook, seorang Bobolizan Rovusan. Menurut legenda Momogun Rungus, Bandau telah dibuka oleh Aki Rungsud sebagai satu pusat perdagangan sistem barter pada zaman lampau dan pada zaman Aki Sook telah berlaku perebutan kekuasaan antara Momogun Rungus Pilapazan dan Momogun Rungus Kirangavan yang mengakibatkan perang Sindaat [Sihir]. Setelah Sindaat Mogkorudu dilancarkan pusat perdagangan barter Momogun Purba itu telah ditinggalkan dan dikosongkan selama hampir 100 tahun iaitu selepas melalui kalendar Upacara Mamasi Pomogunan dan Upacara Managas.
Syariff Osman memerintah Marudu atas perkenan Sultan Sulu.Walau bagaimanapun, akhirnya ia mendirikan independent chiefdom yang berkecuali dan disebutkan " many people came to settle under his jurisdiction as he could provide protection and security ". R.S Singh " The Development of Native Administration in Sabah 1877-1946" dalam buku COMMERATIVE HISTORY OF SABAH 1881-1981, m.s. 96.Oleh itu, Syariff Osman sebenarnya adalah seorang Pemerintah Bebas, Pejuang, Pelindung Rakyat Marudu dan bukannya lanun.
Menurut S.St.John dalam bukunya 'Life in the Forests of the Far East', London, 1863, pp.394-6 disebutkan bahawa penduduk yang mendiami Shariff Osman,s Chiefdom ( Marudu atau Maludu)dianggarkan lebih kurang 50,000 orang ( tahun 1840 an ) dan pekerjaan utama penduduknya ialah penternakan dan nelayan.
Syariff Osman terlibat dalam perang menentang penjajah Inggeris sekitar tahun 1840 an. Sehingga pada hari ini Bandau yang dikenali dahulu mengambil nama Sindaat Mogkorudu [Marudu] yang dilancarkan oleh Aki Sook yang berperanan sebagai pelupus dosa-dosa Momogun dalam upacara Agama Labus iaitu agama leluhur Momogun Rungus. Mogkorudu bermakna "meratap atas kematian". Legenda ini terus hidup dalam suku Momogun Rungus.
Manakala dalam Peta Penjajah Sepanyol abad ke-13 Marudu ditulis sebagai Maludu dan dipercayai adalah antara dokumen sejarah tertua yang mencatatkan nama Marudu.
